Die Marineschule Mürwik wurde ab 1907 als Ersatz für die 1888 fertiggestellte
Marineakademie und -schule Kiel gebaut. Architekt war Baurat Adalbert Kelm von der Marinebauverwaltung in Kiel. Noch heute ist die Straße, die zur Marineschule führt nach ihm benannt. Vorbild war die
Ordensburg Marienburg. Wie ihre Vorgängerin sollte die MSM der Kaiserlichen Marine zur Ausbildung von Seeoffizieren dienen. Der Gebäudekomplex aus rotem Backstein liegt an der Flensburger Förde und
wird deshalb auch als Rote Burg an der Förde, wie auch als Rotes Schloss am Meer bezeichnet. In der Umgebung wurden weitere Gebäude für die MSM errichtet, darunter der Marine-Wasserturm und das
Marinelazarett. Als Offiziersschule diente die MSM später auch der Reichsmarine, der Kriegsmarine und seit 1956 der Bundesmarine bzw. der Deutschen Marine.
Mit dem Ersten Flottengesetz von 1898 begann die Aufrüstung der Flotte. Statt 70 bis 80
mussten 200 Seekadetten pro Jahrgang ausgebildet werden. Deshalb schlug der damalige Staatssekretär des Reichsmarineamts Admiral Alfred von Tirpitz den Neubau in Mürwik vor. Am 22. Juni 1903
genehmigte Kaiser Wilhelm II. die Verlegung. Der Magistrat der Stadt Flensburg bot am 9. Mai 1905 ein 15 ha großes Gelände im fast unbesiedelten Mürwik kostenlos unter der Bedingung an, dass die
Marineschule bis zum 1. April 1909 dorthin verlegt werden würde. Die Marine stimmte zu und kaufte 2 ha hinzu. Am 21. November 1910 reiste der Kaiser mit dem Depeschenboot Sleipner an und weihte den
Neubau ein. Am Ende des Zweiten Weltkrieges und des Dritten Reichs war die Schule nach dem 3. Mai 1945 kurzzeitig Teil des Sonderbereichs Mürwik und diente der geschäftsführenden Reichsregierung
unter Großadmiral Karl Dönitz als Regierungssitz. Am 23. Mai 1945 besetzten die Alliierten den Sonderbereich Mürwik und verhafteten die Regierung Dönitz.
Nach dem Weltkrieg wurde die Schule zunächst als Teil des Marinelazaretts, dann als
Pädagogische Hochschule und als Zollschule genutzt. Im November 1956 wurde die Schule von der neu gegründeten Bundesmarine (seit 1990 „Deutsche Marine“) übernommen, die dort bis heute ihre Offiziere
ausbildet. Seitdem führt sie ihren heutigen Namen.